天皇家のＹ染色体はそれほど貴重なのでしょうか？

昨日もちょっと触れました、男系天皇支持論に出てくる「Ｙ染色体継承理論」なのですが、どうも自分の中ですっきりしないと言うか、納得しにくいものを感じたので考えてみました。
とりあえず古墳時代くらいまでさかのぼった時に、当時の日本人が５００万人、Ｙ染色体の種類を２５０万種としてみましょう（実際はもっと少なかったはずですが）。すべてのカップルが子供を２人づつ作ると仮定して、組み合わせが女の子２人になる確率は１／４。つまり単純計算では、２５％のＹ染色体が１世代で消滅するわけです。では１世代２５年。現代まで６０世代とすると、残るＹ染色体は何種類でしょうか？　エクセルで計算してみます。

ええと、「約０．１種類」となりました。……あれ？

……まあ、これはさすがにどこかで間違えたような気もしますが(*1)、理屈で言えば今の日本人、かなり大勢の人が天皇家に繋がっているのは間違いないでしょう。僕も男なので、一系に繋がっている可能性もありですね。Ｙ染色体による皇統を強調される方はこの辺をどうお考えになるのでしょうか。
実際には遺伝子というのは突然変異も多く、そのまま伝わっているとは思いにくいです。この類の話を持ち出すということは、「じゃあ遺伝子さえ伝われば何でもよいのか」という論になり、むしろ皇室への敬意を欠いた方向に進むような気がします。

(*1)２世代目以降の計算が間違ってますかね。でも難しいのでまあいいか。